대장금 임금의 주치의관이 된 장금은 장폐색에 걸린 중종에게 수술받을 것을 권유한다. 이에 중종을 비롯한 궁궐 안의 모든 이들이 거부의 뜻을 나타내고 장금은 궁궐 밖을 나서던 중 갑자기 보쌈을 당한다. 이후 장금이 눈을 떠보니 그녀 앞엔 자신과의 로맨스 때문에 임금에게 불충하고 조정에 불란을 일으켰다는 이유로 삼수로 유배된 민정호가 있다. 그리고 두 사람에게는 ‘명나라로 떠나거라’는 내용이 담긴 중종의 비밀편지가 전해진다. 자신이 죽음을 맞이하면 장금에게 피해가 갈 것을 염려한 중종이 그녀를 보쌈시켜 민정호와 함께 있을 수 있도록 만들어 준 것. 이후 세월이 흘러 장금은 어느덧 30대 후반,민정호는 40대 중반이 돼 장금이 어렸을 적 살던 백정마을에서 부부로 살아간다. 그리고 둘 사이에는 어린 시절 장금과 똑 닮은 성격의 호기심 많은 어린 딸도 있다. 그 사이 숙원마마 연생은 중전에게 장금과 민정호가 조선에 있다며 이들을 사면복권시켜줄 것을 권유하고 중전 또한 그 뜻을 받아들인다. 하지만 중전 앞에 서게 된 장금은 백성들에게 작은 힘이 되고 싶다며 궁에 있기를 거부하고 민정호,딸과 함께 궁을 나선다. 그리고 궁을 떠나며 민정호는 장금에게 “사람의 몸에 칼을 대는 것만은 하지 말아 달라”고 부탁한다. 하지만 장금은 진정한 의술을 펼치기 위해 그의 뜻을 받아들일 수 없다고 말한 뒤 때마침 동굴에서 난산을 겪고 있는 여인을 발견하고 제왕절개 수술에 성공한다.